W roku 1958 Karol Wojtyła został mianowany biskupem tytularnym Ombrii, a także biskupem pomocniczym Krakowa. Konsekracji biskupiej ks. Karola Wojtyły dokonał 28 września 1958 w katedrze na Wawelu metropolita krakowski i lwowski, arcybiskup Eugeniusz Baziak. Nowy biskup pracował w kurii, prowadził w dalszym ciągu wykłady na KUL - u, wizytował parafie, święcił kościoły i kaplice, odwiedzał domy zakonne, udzielał święceń kapłańskich. Pracy miał wiele, ale nie porzucił działalności naukowej. W 1962 roku został krajowym duszpasterzem środowisk twórczych i inteligencji. Na okres biskupstwa Karola Wojtyły przypadły także obrady Soboru Watykańskiego II, w których aktywnie uczestniczył. Już w tym okresie Karol Wojtyła bardzo dużo czasu poświęcał na podróże zagraniczne w celach ewangelizacyjnych i religijnych.

.

30 grudnia 1963, półtora roku po śmierci swego poprzednika, arcybiskupa Eugeniusza Baziaka, Karol Wojtyła został mianowany arcybiskupem metropolitą krakowskim.

W roku 1967 otrzymał tytuł kardynała, a jego kościołem tytularnym stał się kościół św. Cezarego Męczennika. W drugiej połowie lat 70. zbliżył się do środowisk opozycyjnych. Kardynał bardzo dużo podróżuje, odwiedzając Polonię w różnych krajach. Zebrania, eucharystyczne kongresy, miejscowe synody, wykłady, przemówienia na zebraniach naukowych, bierze udział w pracach synodów, które odbywają się obecnie w Rzymie co 5 lat i mają na celu rozwój i wprowadzenie ustaw Soboru Watykańskiego II. Niewielu spośród kardynałów nabyło tak wiele międzynarodowego doświadczenia w tak krótkim czasie.

W dniu 6 08. 1978 zmarł papież Paweł VI. Kardynał Wojtyła wyjechał do Watykanu na uroczystości pogrzebowe, a następnie na konklawe. 26.08.1978 roku wybrano papieżem Jana Pawła I. Po audiencji u nowego papieża Kardynał wrócił do Krakowa. Pontyfikat Jana Pawła I trwał tylko 33 dni - 29.09 nadeszła z Watykanu wiadomość o śmierci Ojca Świętego. 3.10.1978 roku kardynał znowu udał się na pogrzeb oraz na konklawe.

Po śmierci Jana Pawła I 29 września 1978 roku rozpoczęły się przygotowania do drugiego już konklawe w tym roku. Rozpoczęło się ono 14 października, uczestniczyło w nim 111 kardynałów, między nimi Wojtyła. Najbardziej prawdopodobnymi kandydatami do papiestwa byli: Giuseppe Siri, Giovanni Benelli oraz Sebastiano Baggio. Odbyło się 8 głosowań. Podczas ostatniego, mającego miejsce o godz. 17 w poniedziałek 16 października, Karol Wojtyła uzyskał 94 głosy, co było liczbą dużo większą niż wymagane minimum.

Wojtyła, zapytany, czy zgadza się z wyborem kolegium kardynalskiego, odpowiedział twierdząco. Przybrał wtedy imię Jana Pawła II.

Jan Paweł II był papieżem przez 26 i pół roku.

Charakterystycznym elementem pontyfikatu Jana Pawła II były podróże zagraniczne. Odbył ich 104, odwiedzając wszystkie zamieszkane kontynenty. Najwięcej razy odwiedził m.in. Polskę (9 razy), USA (7 razy), Francję(7 razy). Jan Paweł II chętnie spotykał się z młodymi ludźmi i poświęcał im dużo uwagi.

Od 1992 r. cierpiał na postępującą chorobę Parkinsona. Jego długoletnie zmagania z chorobą i ze starością były osobistym przykładem głoszonych na ten temat poglądów, w których podkreślał godność ludzkiego cierpienia i odnosił je do męki Chrystusa

Zmarł 2 kwietnia 2005 po zakończeniu Apelu Jasnogórskiego, w pierwszą sobotę miesiąca i wigilię Święta Miłosierdzia Bożego, w 9666 dniu swojego pontyfikatu.

W ciągu ostatnich dwóch dni życia nieustannie towarzyszyli mu wierni z całego świata, śledząc na bieżąco wiadomości dochodzące z Watykanu oraz trwając na modlitwie w jego intencji

Po śmierci papieża zaczęto dodawać mu nowy przydomek nazywając go Janem Pawłem Wielkim. 13 maja 2005 papież Benedykt XVI zezwolił na natychmiastowe rozpoczęcie procesu beatyfikacyjnego Jana Pawła II.

1 maja 2011 ok. godz. 10: 40 nastąpiła beatyfikacja Jana Pawła II podczas uroczystej mszy świętej na placu Św. Piotra w Rzymie.